Fidel Castro, 1959'da diktatör Fulgencio Batista hükümetini devirerek Küba'nın yönetimini ele geçirdi. Fidel Castro, ülkede vaad ettiği seçimleri yapmayarak keyfî bir yönetim sistemi uygulamaya başladı. Muhtemel bir Amerikan müdahalesine karşı da ihtiyacı olan desteği komünist bloku ülkelerden aramaya başladı. Bunun üzerine 1960 yılı yaz aylarından itibaren Amerika Birleşik Devletleri'nin Küba siyaseti sertleşmeye başladı. Birleşik Devletler Küba şekerine geçici bir ambargo koydu ve 21 üyeli Amerikan Devletleri Örgütü'nden (OAS) Küba'nın hareketlerini kınamalarını istedi. OAS bu olayda Castro rejimini doğrudan suçlamamakla birlikte, Castro'yu desteklemesi sebebiyle Sovyetler'in batı yarım küresine müdahalesini kınadı.
John F. Kennedy'nin Kasım 1960'da Amerikan başkanlığına seçilmesiyle Amerika-Küba ilişkileri daha da gergin bir döneme girdi.
1961 Nisan'ında, bir grup Kübalı mülteci ülkelerine saldırarak Castro'yu devirmek için başarısız bir girişimde bulundu ( Domuzlar Körfezi Çıkartması). Bu saldırıya hiçbir Amerikalı asker katılmamakla birlikte, Amerikan Hükümeti mültecilere eğitim ve yardım sağlamıştı. Girişim Eisenhower yönetiminin son zamanlarında planlanmış olmasıyla birlikte, tüm sorumluluğu bu harekatın yürürlüğe konmasına izin vermiş olması nedeniyle, Başkan Kennedy yüklendi.
1962 Ekim'inde, Castro hükümetinin, Sovyetler Birliği'ne Küba topraklarına gizlice saldırı füzeleri yerleştirmesine izin vermesi, dünya kamuoyunu dehşete düşürdü. Sovyet teknisyenlerinin denetiminde olan bu üsler, Kuzey ve Güney Amerika'nın belli başlı şehirlerine nükleer füzeler atabilecek nitelikteydi. Birleşik Devletler bu üslerin derhal sökülmesini istedi ve Küba'ya sevk edilmekte olan saldırı nitelikteki bütün askeri malzemeyi abluka altına aldığını ilan etti. Amerikan Devletleri Örgütü (OAS) bir muhalefetle karşılaşmaksızın 20 oyla aldığı bir kararla üye ülkelere Küba'ya saldırı silahları sevkıyatına engel olunması tavsiyesinde bulundu. İki hafta süren gergin bir havadan sonra Sovyet hükümeti, Türkiye'deki üslerin kısıtlanması karşılığında üslerini söküp füzeleri Sovyetler Birliği'ne geri götürmeyi kabul etti ( Ekim Füzeleri Bunalımı).